Le Gâtinais est dans l’ensemble assez bien connecté avec les territoires voisins du sud et de l’est. Les vallées de l’Essonne et de la Juine assurent notamment des liaisons vers l’est de la Beauce et la forêt d’Orléans. Il en est de même des vallées du Lunain et de l’Orvanne qui rejoignent le secteur de Sens dans l’Yonne. En revanche, les coupures sont beaucoup plus fortes vers le nord du fait de la Seine qui constitue une voie navigable difficile à franchir pour la faune terrestre. Par contre, les espèces à dispersion aérienne peuvent aisément passer du fait de la proximité des massifs boisés du sud de la Brie (Buisson de Massoury, forêts de Barbeau et de Valence). Les déplacements sont également difficiles vers l’ouest en direction de la forêt de Rambouillet du fait d’une succession d’infrastructures nord-sud difficilement franchissables au-delà de la vallée de la Juine.

Outre le maintien des connexions entre les massifs forestiers et la Seine, les principaux enjeux à prendre en compte sur le territoire sont :

- d’assurer une meilleure franchissabilité de certaines grandes infrastructures routières et ferroviaires, en particulier au niveau de l’A6 en forêts de Fontainebleau et de Nanteau, de la D2020-920 et des lignes ferroviaires reliant Orléans et Malesherbes ;

- de préserver des connexions et s’assurer de la franchissabilité du canal le long du Loing, en particulier au niveau des rares ouvertures non urbanisées comme l’axe constitué par la plaine de Sorques et le marais d’Episy dans la vallée du Lunain, les secteurs entre La Genevraye et Montcourt-Fromonville, entre la ville précédente et Nemours (passages entre le bois de La Croix et la forêt de la Commanderie), au niveau de la forêt de Nemours et le long des coteaux au nord de Souppes-sur-Loing ;

- de maintenir les connexions entre les forêts de Fontainebleau et de Rambouillet à travers les multiples boisements qui occupent les rebords des vallées sur des zones de passage préférentiel situées notamment dans la vallée de l’Ecole (entre Dannemois et Soisy-sous-Ecole, au nord de Milly-la-forêt entre les forêts de Fontainebleau et de Milly) et sur la vallée de l’Essonne (au nord de Boutigny à hauteur du bois de Misery au sud de Boutigny en lisière ouest de la forêt de Milly ou au sud de Maisse). Ces connexions tendent localement à être perturbées par le mitage urbain ;

- de préserver les abords des grandes zones humides des vallées de l’Essonne et de la basse vallée de la Juine qui tendent peu à peu à être enclavées par l’urbanisation, notamment autour du marais de Fontenay-le-Vicomte qui est un des plus importants d’Île-de-France.

Par ailleurs il est nécessaire de conserver des zones tampons suffisamment larges au niveau des lisières non urbanisées des principaux massifs forestiers.