La Bassée constitue un des principaux réservoirs de biodiversité de la région Île-de-France. La vallée de la Seine est également une continuité écologique d’importance majeure au niveau régional. Son intérêt est d’autant plus grand que des liaisons fonctionnelles existent encore avec les massifs forestiers riverains malgré des coupures au niveau des pôles urbains (Melun, entre Héricy et Saint-Mammès, Montereau).

Les principaux enjeux de conservation concernent :

- la préservation des connexions au niveau des forêts de Rougeau (entre Morsang-sur-Seine et Seine-Port), de Sainte-Assise (entre Seine-Port et Boissise-la-Bertrand), du Buisson de Massoury (entre Livry-sur-Seine et Fontaine-le-Port), de Barbeau (entre Fontaine-le-Port et Féricy), de Valence (entre Samoreau et Champagne-sur-Seine) en rive droite, de la forêt de Fontainebleau en rive gauche ;

- la renaturation des berges de la Seine et le maintien des continuités écologiques longitudinales et transversales au sein de la Bassée, de part et d’autre des voies navigables et vers le nord, vers la forêt de Sourdun et les vallées de l’Auxence et de la Voulzie. La plaine agricole située entre la Bassée et la forêt de Sourdun est notamment régulièrement traversée de façon diffuse par les grands mammifères dont le Cerf ;

- la préservation du caractère naturel des berges de la Seine et de leurs abords afin d’éviter une urbanisation continue en aval de Melun, par exemple au niveau de la coupure verte agricole de Vigneux-sur-Seine ;

- la restauration de prairies inondables notamment en amont de Bray-sur-Seine ; - la préservation des confluences avec les principaux affluents (Essonne, Ecole, ru de la Mare aux Evée, ru du Châtelet, ru de la Gaudine…).