La vallée de la Marne constitue une continuité écologique d’importance majeure au niveau régional. En milieu urbain, les axes de déplacement de la faune sont contraints mais les îles, les parcs et les berges végétalisées forment encore un réseau fonctionnel. En amont, les contraintes sont plus réduites, même si l’urbanisation provoque localement des points de rupture, principalement à Lagny-sur-Marne, Meaux et La Ferté-sous-Jouarre. En amont de Meaux, les enjeux majeurs de préservation des continuités écologiques sont :
- le maintien des milieux ouverts (prairies, friches et cultures) sur le pourtour de la forêt de Montceaux, en particulier en liaison avec la Marne, tel qu’à Germigny-l’Evêque ;
- la préservation des coupures agricoles à la confluence entre l’Ourcq, la Thérouanne et la Marne, au sud-ouest de Lisy-surOurcq.
Entre Meaux et Lagny les principaux enjeux de conservation concernent :
- la préservation du caractère naturel des berges de la Marne et de leurs abords afin d’éviter une urbanisation continue ;
- le désenclavement du marais de Saint-Faron à Meaux ;
- la préservation des connexions hydrauliques entre la Marne et le marais de Lesches ;
- le maintien d’une connexion entre la forêt des Vallières et les secteurs boisés de Lesches.

En aval de Lagny, les enjeux de conservation portent principalement sur les liaisons entre les massifs boisés et les ripisylves de la Marne, au niveau des bois de Brou et de Chaalis, vers les bois du Val Maubuée à travers le parc de Champs-sur-Marne. La restauration d’une connexion entre la Marne et le bois de Vincennes paraît aujourd’hui difficile compte tenu de l’urbanisation et des infrastructures existantes.