Le Pays de France est délimité par la Seine et l’Oise à l’ouest, le canal de l’Ourcq et la Marne au sud, voies navigables aujourd’hui difficilement franchissables par les espèces terrestres du fait de l’urbanisation, des infrastructures et des aménagements pour la navigation. Il subsiste cependant localement des tronçons pas ou peu urbanisés, importants à conserver, susceptibles de servir de corridors pour diverses espèces .

Les autres enjeux concernent :
- le maintien de connexions le long des vallées (Ysieux, vallée de Chauvry, vallée du ru de Presles, Beuvronne, Therouanne, Ourcq) ;
- la préservation de zones tampons suffisamment larges au niveau des lisières non urbanisées des forêts de Montmorency, l’Isle-Adam et Carnelle et entre les villages de la vallée de l’Ysieux ;
- des liaisons avec la forêt de Carnelle et les marais de Royaumont et entre la forêt de Carnelle et les marais de Royaumont via la plaine d’Asnières-sur-Oise ;
- le maintien de la fonctionnalité des connexions entre la forêt de Carnelle et la foret de Chantilly par les boisements au sud de la vallée de l’Ysieux (bois de Jagny, bois de la Goulette, etc.) via la plaine agricole de Belloy/Epinay-Champlâtreux ;
- le maintien d’une connexion boisée entre la forêt de Montmorency et la butte d’Ecouen ;
- la préservation des connexions (en particulier pour la Chouette Chevêche et les mammifères) entre l’extrémité est de la vallée de l’Ysieux, les boisements du sud de la Picardie et la butte de Montgé en Goële ;
- le maintien de la fonctionnalité des mosaïques agricoles associant cultures, friches et bosquets entre Goussainville et Louvres ;
- le maintien de connexion entre la plaine de France et les plaines agricoles de la Goële et du Multien au nord de Louvres.
Le territoire présente également la particularité de maintenir des connexions plus ou moins fonctionnelles vers le cœur urbain de l’agglomération parisienne dont le maintien et la valorisation doivent être recherchés notamment :
- entre le parc départemental Georges Valbon et le secteur de Roissy, via la vallée du Croult, des parcelles relictuelles de friches et de cultures et les espaces verts des aéroports du Bourget et de Roissy ;
- entre la forêt de Bondy, le bois de Bernouille et les milieux naturels situés plus à l’est (Bois de Claye, Luzancy, Chaalis, Les Vallières), via les carrières de gypse réaménagées et l’aqueduc de la Dhuis. Précisons que les carrières peuvent contribuer au maintien, voire au renforcement, des corridors sous réserve de réaménagements à vocation écologique privilégiant la reconstitution de pelouses marneuses, de mares et de boisements naturels ;
- le long du canal de l’Ourcq, vers Paris en aval de la Beuvronne et plus à l’est dans la traversée de la ville de Meaux.

L’artificialisation, voire la fermeture totale de certains cours d’eau a pu entraîner la disparition de certains d’entre eux. Le Croult et le petit Rosne sont autant de cours d’eau dont la fonctionnalité est aujourd’hui très altérée voire empêchée sur certains tronçons. La restauration de ces milieux aquatiques dégradés et la reconquête de leurs fonctionnalités écologiques constituent un enjeu majeur.