Malgré les infrastructures de transport, la Beauce reste connectée aux régions voisines :

- au nord, vers les milieux acides du Hurepoix, via l’Orge et ses affluents (Renarde, Remardes) ;

- à l’est, vers les milieux calcaires du Gâtinais, au travers des vallées de la Chalouette et de la Juine ;

- vers le sud et l’ouest, vers les plaines cultivées de la Beauce et la vallée de l’Eure, via la vallée de la Voise.

Les principaux enjeux de connexion concernent :

- la préservation de corridors fonctionnels le long des vallées et de leur rôle multifonctionnel pour les habitats calcaires ;

- les boisements de rebords de plateau et les rares zones humides de fond de vallée ;

- le maintien de connexions à travers les vallées autour de certaines agglomérations comme Etampes, notamment au niveau des coteaux calcaires qui entourent la ville et entre Etampes et Etrechy, sur un des axes de passage possible entre les forêts de Fontainebleau et de Rambouillet.