Le Vexin est bien connecté vers le nord, sans obstacle important, et vers l’ouest, sans contrainte majeure à travers la vallée de l’Epte. En revanche, le Vexin est bordé par l’Oise à l’est et la Seine au sud, deux rivières devenues difficilement franchissables par les espèces terrestres du fait de l’urbanisation, des infrastructures et des aménagements pour la navigation. Il subsiste cependant localement des fenêtres pas ou peu urbanisées qui offrent des connexions possibles dont la préservation représente un enjeu majeur.

Pour la bonne fonctionnalité des continuités écologiques, les autres enjeux concernent le maintien :
- de connexions le long des vallées (Viosne aval, Sausseron aval, Epte) ;
- d’une connexion au nord de Meulan ;
- d’une ouverture suffisamment large entre l’agglomération de Cergy-Pontoise et la forêt de l’Hautil.